相似基因(Gene)-动态规划-中高级

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题目描述

大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物。
在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。两个基因的相似度的计算方法如下:
对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应。当然,中间可以加入一些空碱基-,例如:

A G T G A T - G
- G T - - T A G

这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的相似度如下表所示:

A C G T -
A 5 -1 -2 -1 -3
C -1 5 -3 -2 -4
G -2 -3 5 -2 -2
T -1 -2 -2 5 -1
- -3 -4 -2 -1 *


那么相似度就是:(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一,例如又有:

A G T G A T G
- G T T A - G


相似度为:(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中,相似度最大的那个。

输入格式

共两行。每行首先是一个整数,表示基因的长度;隔一个空格后是一个基因序列,序列中只含A,C,G,T四个字母。1<=序列的长度<=100。

输出格式

仅一行,即输入基因的相似度。

样例输入 #1

7 AGTGATG
5 GTTAG

样例输出 #1

14

提示

LCS

 上传者
coach
 创建时间
2012-11-13 12:22